Chiesa orientata, a navata unica con cappelle laterali e terminazione ad abside semicircolare.
Il presbiterio è sopraelevato di tre gradini rispetto alla navata, dalla quale è separato anche da due balaustre marmoree, ed è affiancato da due vani quadrangolari.
Un pulpito è collocato presso il lato nord del presbiterio, che è occupato dall’altare preconciliare davanti al quale è stato aggiunto l’odierno altare maggiore.
Le coperture delle chiesa presentano una grande varietà tipologica: la navata è coperta da una volta a botte con unghiature; le cappelle laterali presentano volte a botte semplici; il presbiterio ha copertura cupolata di forma ellittica su trombe angolari; infine, presso i vani laterali sono state costruite volte a padiglione.
La facciata ha profilo a salienti che corrisponde ai volumi interni della navata centrale e delle cappelle laterali aggregate.
La porzione centrale ha terminazione timpanata con finestra a lunetta.
Sulla facciata si aprono tre portali.
Il campanile si trova sul lato meridionale della chiesa.
1570 – La prima chiesa parrocchiale di Malvaglio dedicata a San Bernardo si trovava in posizione diversa dall’attuale ed è ora inglobata all’interno di un’abitazione privata (via Chiesa n.4). Questa prima chiesa è documentata per la prima volta nella Visita Pastorale di San Carlo Borromeo del 1570.
1800 – L’odierna parrocchiale di S. Bernardo venne costruita a partire dal 1845 su progetto dell’architetto Pietro Zirotti.
Già intorno ai primi decenni del XIX secolo, il parroco Buffoni aveva constatato che la vecchia parrocchiale risultava ormai insufficiente alle esigenze della popolazione e aveva iniziato a progettare la nuova chiesa, senza però riuscire a portare avanti i lavori. Per la costruzione della nuova chiesa, la terra venne acquistata dalle nobili Marianna Clerici Lurani e Teresa Clerici Brambilla.
1854 – L’altare pre-conciliare in marmo venne costruito nel 1854 da Bartolomeo Torretta.
1902 – Tra il 1902 e il 1911 vennero restaurati il campanile e la volta della sagrestia, che era crollata.
1924 – La decorazione ad affresco che orna la chiesa venne eseguita nel 1924 dal pittore Romano Ciserna.