La chiesa di San Gottardo a Varese presenta una pianta ad aula rettangolare con abside semicircolare. A destra del presbiterio si trova un antico affresco raffigurante la Madonna di Loreto, unica testimonianza della campagna decorativa interna originaria. L’area presbiteriale è separata dall’aula da un gradino e da una balaustra in marmo. Ai lati si trovano due piccole aule secondarie di pianta rettangolare da cui è possibile seguire le celebrazioni. L’antico altare contiene una pala raffigurante la Vergine del Rosario tra i Santi Gottardo e Giovanni realizzata dal pittore Baroni nel 1868. Procedendo dall’altare verso l’ingresso si trova una statua di San Gottardo e, in prossimità dell’ingresso, una piccola cappella laterale contenente un fonte battesimale. La navata è illuminata esclusivamente dalla vetrata collocata in facciata e sono presenti all’imposta della volta a botte alcune finte finestre affrescate. Le pareti interne presentano una colorazione bianca fatta eccezione per le lesene che sono state decorate con una finitura a finto marmo. Le volte a botte sono invece riccamente affrescate con cornici, motivi floreali, conchiglie e, nelle lunette, con stemmi dotati di motti latini.
La chiesa si affaccia su un sagrato rialzato rispetto al livello della strada ed è accessibile da una scalinata. La facciata principale segue un profilo a capanna con l’annessione sul lato sinistro di un volume più basso corrispondente alla cappella laterale interna che ospita il battistero. Il portale di accesso centrale è in pietra ed è caratterizzato superiormente da un timpano triangolare spezzato. Per accedere alla chiesa è necessario superare due gradini in pietra. I capitelli delle lesene richiamano lo stile ionico grazie a piccoli elementi a voluta mentre al centro presentano una decorazione a stemma. Superiormente si trova una vetrata policroma che illumina la navata interna con la raffigurazione di S. Gottardo. Le due porzioni verticali laterali della facciata sono caratterizzate da due sfondati rettangolari arretrati rispetto alla porzione centrale. Il volume a sinistra è dotato di una piccola apertura rettangolare con grate metalliche. La facciata è interamente intonacata e presenta una doppia finitura, più chiara negli sfondati e più scura nelle superfici in rilievo.
XVI – Nel 1500 circa si costruì l’antica chiesa intitolata alla Madonna del Rosario e a S. Gottardo per volontà del Vescovo Fabrizio Morliani.
1710 – Nel 1710 si costruì il campanile.
1774 – Nel 1774 si ampliò il coro e si realizzò un nuovo altare.
1796 – Nel 1796 si ampliò nuovamente la chiesa e alcuni locali adiacenti vennero trasformati in canonica.
1797 – Nel 1797 si innalzò il campanile.
1934 – Nel 1934 venne realizzata la vetrata policroma in facciata raffigurante S. Gottardo.
2010 – Tra il 2010 e il 2015 hanno avuto luogo restauri delle superfici esterne, della copertura e degli interni, compreso l’antico affresco raffigurante la Madonna di Loreto.