La chiesa presenta un impianto longitudinale, a navata unica, senza transetto, con quattro cappelle per lato, coro (piuttosto sviluppato longitudinalmente) e sagrestia.
La navata è coperta da una volta a botte unghiata, mentre il coro e la sagrestia presentano rispettivamente una volta a crociera ed una volta a schifo.
Le pareti interne della chiesa sono tutte intonacate, mentre i fianchi esterni, presentano un paramento con mattoni a vista.
Sul fianco sinistro della chiesa si trova un campanile di edificazione settecentesca, intonacato, con terminazione a bulbo (con castello interno ligneo e copertura di rame).
La facciata è caratterizzata da un partito architettonico in due ordini, con volute nella parte sommitale, aperture modanate e nicchie con statue. La struttura della facciata è in laterizio intonacato, ma il partito architettonico e le modanature sono realizzate in ceppo e pietra d’angera.
XV – Una più antica chiesa di San Bernardino, probabilmente fondata a metà del XV secolo, è documentata per la prima volta nel 1498.
Questa chiesa probabilmente subì un ampliamento nei primi decenni del XVI secolo (1507 circa).
La chiesa era sede della confraternita dei Disciplini e nel 1578 cominciò ad ospitare anche le funzioni della neonata Confraternita del Rosario.
1604 – Nel 1604 la progettazione della nuova chiesa di San Bernardino viene affidata a Monsignor Mazenta (Prefetto delle Fabbriche della Diocesi di Milano, durante l’episcopato di Federico Borromeo) .
Fra il 1604 ed il 1614 si procede all’acquisto dei terreni adiacenti all’antica chiesa e contemporaneamente all’alienazione di alcuni beni della Confraternita, per reperire il denaro necessario all’avvio del cantiere.
Nel 1614 viene celebrata ufficialmente la posa della prima pietra.
Il cantiere per la realizzazione del progetto del Mazenta non viene tuttavia mai avviato.
1623 – Entro il 1623 viene probabilmente redatto un nuovo progetto, per la realizzazione di una chiesa di dimensioni maggiori rispetto a quella proposta dal Mazenta. Autore di questo progetto è molto probabilmente Francesco Maria Richino.
Tra il 1623 ed il 1629 viene edificato il fianco est della nuova chiesa, senza tuttavia demolire l’edificio preesistente.
Nel 1629-1630, a causa della peste, il cantiere si interrompe.
Nel 1631 viene demolita l’antica chiesa e riprendono i lavori di costruzione, sotto la guida del capomastro Rusca e dell’Ingegnere Francesco Maria Richino.
Nel 1633 si procede alla stesura degli intonaci e alla realizzazione delle volte e delle coperture.
Alla fine degli anni Trenta nella chiesa si celebra quotidianamente.
Per tutto il XVII secolo la facciata rimane invece a rustico.
1686 – Nel 1686, su progetto dell’Abbiatense Federico Pietrasanta, viene costruito il nuovo coro.
1740 – Nel 1740, si procede al completamento della facciata, rimasta a rustico per circa un secolo.
La facciata viene realizzata seguendo il progetto del Richino, seppur con alcune aggiunte e varianti.
1820 – Restauro complessivo della fabbrica che determina il rifacimento delle coperture, la sostituzione degli infissi ed il rifacimento dell’arcone sopra il presbiterio.
Negli stessi anni il pittore abbiatense Giovanni Francesco Marinoni realizza la decorazione degli interni.
1984 – Campagna di restauro curata da Santino Langè.
Il Restauro ha previsto: il rifacimento del manto di copertura del tetto (con mantenimento delle carpenterie lignee ottocentesche, ad eccezione dei travetti), la verifica strutturale delle volte, la verifica ed il consolidamento delle murature, il restauro degli arredi delle cappelle, dei dipinti, delle sculture e il restauro e consolidamento del campanile (in particolare delle cornici terminali e della struttura lignea del bulbo).
Si sono inoltre eseguiti interventi di pulitura degli elementi lapidei.
Molto consistente è stato infine l’intervento di rifacimento degli intonaci, con rimozione integrale dell’apparato decorativo ottocentesco.