La chiesa presenta un impianto a tre navate su colonne con caratteristico ingrossamento a metà del fusto (decorazione a ovoli).
Le volte sono a crociera, dipinte con una decorazione a soli di gusto quattrocentesco.
Il presbiterio è rialzato rispetto alla navata e si conclude con un abside semicircolare contentente il coro ligneo. Lo spazio sopra l’altare è coronato da una cupola.
Ai lati delle navate si aprono 2 cappelle per lato; quelle centrali presentano due scenografici altari; a destra, nella cappella contenente le reliquie di s. Felicissima, un altare barocco racchiude un gruppo scultoreo con Calvario quattrocentesco e una Deposizione settecentesca di scuola milanese.
La cappella di sinistra contiene l’altare della Madonna, settecentesco.
Esternamente la chiesa è preceduta da un portico su colonne, realizzato nel Settecento. il campanile si eleva sul lato sinistro della facciata.
XI – Le prima chiesa di Arcisate fu costruita alla fine dell’XI secolo; di quella fase iniziale si conservano il campanile e alcune lapidi poste all’interno della chiesa.
XV – Nella seconda metà del XV secolo viene ricostruita la chiesa con impianto a tre navate, mantenendo il campanile romanico sulla facciata.
XVI – Nella seconda metà del Cinquecento viene decretato l’ampliamento e innalzamento della cappella maggiore.
XVII – Nel corso del Seicento vengono realizzate le cappelle laterali.
XVIII – Nella prima metà del Settecento viene costruito l’altare maggiore; nella seconda metà del secolo viene costruito il pronao davanti alla facciata.
La cella campanaria viene rifatta a seguito dei danni di un fulmine.
XIX – Nel corso dell’Ottocento vengono attuati interventi sull’apparato decorativo e consolidamento delle strutture con l’innalzamento del tetto; vengono ampliate alcune cappelle.
XX – Alla metà del Novecento vengono attuati dei consolidamenti alle volte della navata centrale e del tiburio; viene rifatta la pavimentazione del presbiterio e viene realizzato il nuovo altare.
1932 – Restauro della facciata ad opera dell’arch. Zanchetta.