La chiesa deve il suo nome al fatto che fu costruita accanto alla corte del vescovo di Cremona, nel periodo in cui i vescovadi e i monasteri italiani e d’oltralpe possedevano, a Pavia, capitale del Regno Italico, una sede di rappresentanza stabile.
Della primitiva struttura romanica si conservano, all’esterno, gli archetti pensili di coronamento della navata centrale, la base del campaniletto romanico ed i grossi piloni cilindrici con capitello cubico in cotto.
La navata destra è stata per metà ridotta a sacrestia e, per l’altra metà, è stata scoperchiata e ridotta a cortiletto. Il muro perimetrale della navata presenta tuttora le tracce delle finestrelle a monofora. Non c’è traccia della navata sinistra.
La chiesa attuale è ad aula unica rettangolare coperta da volte a botte; in corrispondenza dell’ingresso e del presbiterio si osservano delle volte a vele. Tutta la chiesa è pregevolmente decorata. All’interno, sopra l’ingresso attuale, la volta a vele presenta un affresco del XV secolo con l’incoronazione della Vergine. Sotto l’intonaco della controfacciata, dovrebbero ancora trovarsi gli avanzi di un affresco quattrocentesco con santi nimbati con aureola d’oro su stucco in rilievo. Attualmente la chiesa è usata da magazzino e versa in un precario stato di conservazione. L’ingresso della chiesa è collocato sotto un porticato.
1232 – L’edificio attuale risale agli inizi del XIII secolo. La chiesa di Santa Maria in Corte Cremona è attestata fin dall’anno 1232; tra le fonti edite di carattere generale, la parrocchia è citata nel 1250 nei documenti concernenti l’estimo pavese del secolo XIII.
1400 – Fu gravemente manomesso nel XV secolo e ridotto ad una sola nave nel XVII secolo, sopprimendo l’abside semicircolare e ribaltando l’orientamento della facciata
1924 – Nel 1924 la chiesa fu restituita al culto, dopo aver subito inconsulti restauri.
1990 – Negli anni ’90 del secolo scorso, l’intero complesso, precedentemente sede dell’oratorio della Basilica di S. Michele, fu completamente trasformato, ed adibito a “Casa della Carità”. La chiesetta, non più utilizzata per il culto, viene usata quale deposito di opere d’arte e suppellettili.