La dedicazione della chiesa a San Giovanni domnarum è curiosa, infatti la chiesa era detta San Giovanni delle donne, perchè San Damiano vescovo aveva eretto al suo interno un fonte battesimale solamente per le donne.
Vicina all’importante chiesa di Santa Maria del Carmine, si innalza leggermente nascosta, allinterno di un cortile, ma facilmente identificabile dal suo campanile risalente al XI sec. La chiesa di origini longobarde ha subito due importanti trasformazioni, una nel XI secolo ed una nel XVII secolo che le ha conferito l’aspetto attuale.Nonostante i rifacimenti, tutta la chiesa è ancora di struttura preromanica, alterata poi nei secoli seguenti. L’unica parte rimasta intatta è la cripta, riaperta nel 1914, cui si accede da due scale ai lati della navata centrale.
La facciata della chiesa risale al sec. XV, e presenta tre eleganti rosoni in terracotta. Entrando, a destra, si appoggia alla navata un ambiente a volte, con tracce di affreschi analoghi a quelli della cripta. E’ forse parte dell’antico battistero annesso alla chiesa.
654 – La chiesa di San Giovanni venne edificata nel 654 circa in età longobarda.
XI – La chiesa dunque, fondata in epoca longobarda avrebbe subito almeno due ricostruzioni: una nella prima metà del sec. XI . Forse dopo il grave incendio di Pavia del 1004, il vescovo Rinaldo decise di ricostruire la basilica cadente e, secondo l’usanza dell’epoca, la ricostruì riutilizzando molti elementi della costruzione precedente, ma aggiungendo, ad esempio, sotto l’altar maggiore, una cripta “ad oratorio”, del tipo che si diffonderà nelle chiese romaniche.
Di questa ricostruzione rimangono, chiaramente riconoscibili, la cripta affrescata, il campanile, la parte alta delle murature della navata maggiore, alcune fondamenta, poco più di una campata di quella che forse era la navata laterale destra, con alcuni avanzi di affreschi.
Alcuni affreschi molto rovinati, ma ancora visibili, nella cripta, sono dei sec. XIII – XV.
XV – Nel Quattrocento fu ricostruita la facciata e fu aggiunta una cappella a sinistra dell’ingresso.
1611 – Nel 1611, il corpo della chiesa fu ricostruito come è oggi. Sempre conservando le linee della pianta primitiva, la nuova costruzione seguì gli schemi propri della Controriforma: una sola navata, affiancata da cappelle che si aprono sull’invaso principale con grandi arconi, e sono collegate fra loro da passaggi più piccoli. Le cappelle occuparono in pianta la posizione delle antiche navate laterali (si conservarono la cappellina rinascimentale a sinistra ed un frammento di chiesa romanica sulla destra). La cripta scomparve sotto il pavimento, mentre nella chiesa romanica il presbiterio doveva essere sopraelevato, e fu riempita di ossa, fu quasi dimenticata. Fu riaperta al pubblico nel 1914.