La chiesa è formata da un’unica navata con abside e 4 altari laterali.
Si presenta con un’elegante facciata, preceduta da un portico, che guarda verso la Valle Intelvi. Dall’archivio parrocchiale risulta che fu affrescata da Bernardino Barelli (Ponna 1762-1838) con motivi floreali e con l’immagine del Santo Patrono. In seguito subì numerosi restauri: gli ultimi risalgono al 1970 ad opera del pittore comasco Torildo Conconi e agli anni 1999/2000 ad opera della restauratrice Vanda Maria Franceschetti. Nonostante i numerosi interventi la facciata riproduce quasi sicuramente il disegno originale e il carattere tardo-barocco che ne dettò la prima stesura avvenuta nel ‘700.
Entrando in chiesa, a sinistra si trova il battistero affrescato da Torildo Conconi con un’immagine di San Giovanni Battista.
Segue poi la cappella della Madonna della Seggiola con Bambino e San Giovannino (siglato A.B.F. 1769); l’altare è costituito da un paliotto in scagliola. In questa cappella vi è anche il quadro dedicato alla Madonna di Loreto in Gloria con San Carlo Borromeo e San Francesco; il quadro risale al XVIII secolo, è di autore sconosciuto e restaurato nel 2001.
Segue sempre a sinistra l’altare di San Sisinnio con un tela che raffigura il martirio del Santo; il quadro, del 1920, è opera e dono del pittore triestino Andrea Fossombrone.
Sulle pareti anteriori al presbiterio vi sono a sinistra la statua in stucco di Sant’Agostino e a destra quella di San Bernardino; la volta del presbiterio venne dipinta da Bernardino Barelli nel ‘700. Sulla parete sinistra si trova l’antico tabernacolo marmoreo datato 1525.
L’altare settecentesco in marmo policromo presenta un paliotto in scagliola con il Crocifisso e i Santi Domenico ed Antonio. Nell’abside un quadro di autore ignoto risalente al 1700 raffigura San Sisinnio con le insegne vescovili (ciò rappresenta una forzatura poichè il Santo Patrono era un diacono), restaurato nel 2003.
Vi è poi sulla destra la cappella dedicata alla Beata Vergine della Cintura, contenente una statua marmorea della Madonna; il paliotto in scagliola dell’altare è forse il più deteriorato della chiesa; adornano la cappella dei preziosi stucchi dle ‘600 e due quadri con un Santo Vescovo e Santa Caterina.
Nella prima cappella entrando a destra nell’altare dedicato alla Santa Croce è collocata la statua lignea della Madonna della Cintura, portata in processione la prima domenica di febbraio, restaurata nel 2010; in questa cappella vi è il dipinto dedicato all’Ultima Cena risalente al XVII secolo.
XVI – Non ci sono notizie certe sulla costruzione della chiesa di S. Sisinnio.
Considerando che la parrocchiale di Muronico è l’antica matrice della chiesa della SS. Trinità in Argegno, che da essa venne staccata nel 1609, si può presumibilmente ritenere che S. Sisinnio abbia origini risalenti all’inizio del XVI secolo.
XVI – Nella Visita Pastorale del 1570 il Vescovo Gianantonio Volpi richiedeva di “chiudere con vetrate tutte le finestre e di murare quella che dava sul cimitero”. Sulla parete rivolta a nord è possibile, ancora oggi, rilevare la presenza di una finestra ad arco murata; il tratto di muratura in discorso appartiene alla porta più antica dell’edificio ed è databile attorno agli anni della visita pastorale indicata.
XVI – Nella Visita Pastorale Volpi del 1570 veniva sollecitata anche la tinteggiatura della facciata.
Il Vescovo Feliciano Ninguarda, nella Visita Pastorale del 1593, annotava che “avanti la detta Chiesa vi è un porticale in volta et la facciata pinta con l’immagine del Santo”, ponendo così rimedio alla lacuna evidenziata nel 1570.
XVIII – Nel 1700 l’edificio fu completato. In particolare fu restaurata la parte absidale rispetto alla Visita Pastorale del Vescovo Ambrogio Torriani nel 1668.
XIX – Dall’archivio parrocchiale risulta che la facciata fu affrescata da Bernardino Barelli (Ponna Intelvi 1762-1838) con motivi floreali e con l’immagine del Santo Patrono.
1960 – La facciata fu restaurata nel 1960 dal pittore comasco Torildo Conconi.
1999 – Negli anni 1999-2000 fu effettuato l’ultimo restauro della facciata ad opera della restauratrice Vanda Maria Franceschetti.
2013 – Il 6.5.2013 sono iniziati i lavori di restauro della copertura del tetto, terminati nell’ottobre 2013