Posta lontano dal centro abitato, presso i recenti svincoli della circonvallazione dell’Autostrada, la piccola chiesa si presenta con belle linee settecentesche. La facciata ha andamento planimetrico molto mosso, con la parte centrale più avanzata ove trova posto il portale in marmo bianco di Zandobbio, e nella parte alta una finestra con contorno in muratura, sagomato secondo il gusto settecentesco. Due lesene in muratura partendo da un basamento in pietra di Sarnico, delimitano a tutt’altezza questo corpo centrale della facciata che è concluso in sommità da una cornice sagomata. Ai lati di questo corpo, due tratti di parete curva raccordano la facciata ai muri d’ambito della chiesa, pure essi conclusi con cornici e coperti con coppi. Internamente la chiesa si presenta con una sola navata suddivisa da lesene in due campate. Le pareti d’ambito, rispetto alle lesene, sono più arretrate per dare maggior capienza alle campate stesse e raccordate ad arco con la lesena stessa. Ciascuna campata è poi coperta con volta a botte con le relative strombature per il raccordo alle finestre che esistono sopra il cornicione per dare luce alla navata. La seconda campata della navata presenta a sinistra l’ingresso laterale mentre a destra si trova l’ingresso che è in comunicazione con la casa colonica, un tempo certamente casa parrocchiale. Il presbiterio, sopraelevato di tre gradini in marmo sagomato, è più stretto della navata, ha pianta rettangolare coperta da volte a botte ed è concluso con il coro a pianta semicircolare coperto da catino. A destra del presbiterio, un’apertura conduce al piccolo vano destinato a sagrestia con due finestre verso sud.
1304 – la prima menzione della chiesa parrocchiale di Colognola risale al XIV secolo. Nell’elenco delle chiese e loro rappresentanti al sinodo bergamasco era infatti nominato “Bonaventura Mascaronum clericus Sancti Sisti de Colloniola”
XVI – per comodità della popolazione del quartiere la cura parrocchiale viene affidata alla più centrale chiesa di S. Maria, la quale ali inizi del XVIII secolo viene completamente riedificata
1575 – in occasione della visita apostolica dell’arcivescovo di Milano Carlo Borromeo, avvenuta il 18 settembre 1575, la chiesa dedicata a Santa Maria in Colognola, dipendente dalla pieve di Seriate, risultava essere la nuova parrocchiale. In un coevo manoscritto, il titolo del beneficio di Colognola spettava a San Sisto
1666 – nell Sommario delle chiese della diocesi di Bergamo, redatto dal cancelliere Marenzi, presso la parrocchiale sotto l’invocazione di San Sisto pontefice, dipendente dalla “pieve” di Seriate, erano erette le scuole del Santissimo Sacramento e del Rosario
1730 – la primitiva chiesa viene ricostruita in forme barocche ed orata con affreschi di Giulio Quaglio
1860 – su iniziativa del parroco Giuseppe Rampinelli, venne viene costruita la casa colonica adiacente la chiesa.
1943 – chiesa, utilizzata saltuariamente fu occupata da una batteria tedesca. Il 3 agosto un aereo militare tedesco,gravemente danneggiato, perse un pezzo in fiamme che cadendo sul fienile della casa provocò un incendio che distrusse la struttura
1967 – dopo la ristrutturazione del complesso la chiesa e la casa colonica vennero isolate dal resto del quartiere a causa della costruzione della circonvallazione stradale.
1970 – la chiesa in completo stato di abbandono viene usata come magazzino, deposito e anche ricovero di motociclette
2007 – la chiesa è sottoposta ad un generale intervento di restauro e risanamento conservativo