posta nella parte superiore del seminario la chiesa, oggi utilizzata cappella del Liceo è preceduta da un ampio pronao ad unico ordine suddiviso in tre settori da quattro lesene ed aperto nella parte inferiore con passaggi in corrispondenza delle tre campate; in particolare il settore centrale, che ospita nella parte alta una doppia finestra ad arco entro cornice in pietra, oltre che dalle due lesene è delimitato anche da due colonne a tutt’altezza che si elevano complete di capitelli a sostenere la trabeazione sul quale è impostato il timpano triangolare che conclude l’architettura del pronao.I due settori laterali ospitano,superiormente agli ingressi due finestre ad arco. Oltre il pronao la chiesa prosegue alta con il tamburo ottagonale sul quale è impostata la cupola centrale della chiesa. La facciata vera e propria è intonacata e prima di decorazioni e presenta un ingresso con contorno in pietra. Internamente la chiesa si presenta a navata unica con pianta a croce greca con gli angoli fortemente smussati sono a determinare un ambiente centrale di fatto ottagonale. Le paraste rudentate con capitelli di stile corinzio scandiscono solennemente lo spazio architettonico. Il presbiterio, rialzato di due gradini ospita l’altare maggiore addossato alla parete di fondo piana. Un apertura nella parte terminale del braccio di destra conduce alla sagrestia, mentre a sinistra è presente l’uscita verso il pronao. Nel braccio contrapposto al presbiterio è presente l’ingresso alla chiesa che avviene dall’interno del seminario
IX – qui sorgeva la chiesa di S. Giovanni di Arena già ricordata nel 806 (“S.Giovanni in Ospedale”) 1355 l’intero colle viene inserito da Bernabò Visconti nella Firma Fides
1630 – in adempimento del voto fatto dalla città per esser scampati al terribile morbo della peste, il 28 giugno viene posata la prima pietra della chiesa votiva di S. Maria del Monte Santo, detto Monte S. Giovanni
1676 – i lavori subirono diversi rallentamenti e la chiesa terminata risultò di minor ampiezza e splendore rispetto al progetto del Fanzago
1889 – realizzazione della cupola su disegno dell’ing. don Antonio Piccinelli
1891 – consacrazione della chiesa per mano del vescovo Gaetano Camillo Guineani, che la dedicava nel nuovo titolo della Beata Vergine Maria e dei Santi Giovanni Battista e Giovanni Evangelista
1900 – internamente vengono realizzati gli affreschi nella volta e sui relativi pennacchi per mano del pittore G.B. Riva mentre Ponziano Loverini decora le parti poste sopra gli altari e sopra la porta maggiore
1965 – la chiesa è sottoposta ad un generale intervento di restauro