La facciata di San Lanfranco, a capanna è tripartita da sottili paraste a sezione ottagona che dalla riquadratura del portale salgono fino alla cornice terminale ad archetti pensili intrecciati a cui si raccordano con peducci lapidei. Al centro il portale modanato, inserito in una riquadratura di pietra, è giocato sulla bicromia dei conci lapidei accostati al cotto. Il dipinto della lunetta allude alla più antica titolazione della chiesa e raffigura, seduto accanto al sepolcro vuoto, l’angelo che annuncia la Resurrezione di Cristo. Nella parte mediana si aprono tre aperture circolari; a coronamento la loggetta cieca, tipica del romanico pavese. Il paramento murario, di mattoni regolari con sottili stesure di malta, è ravvivato cromaticamente dalla presenza di bacini ceramici, alcuni di provenienza orientale, altri della prima produzione locale di maiolica, da collocarsi intorno alla metà del Duecento. I fianchi sono ritmati da poderosi contrafforti. Il tiburio ad ottagono presenta la caratteristica loggietta cieca. La copertura, secondo una tecnica tipica della tradizione romanica, comporta l’aderenza delle tegole all’estradosso della cupola, senza interposizione di capriate lignee. La modificazione di una simile copertura nella navata con l’inserimento di una armatura lignea, ha determinato l’innalzamento delle pareti e il conseguente parziale occultamento del tiburio.
La pianta della chiesa è a croce latina con navata unica di quattro campate rettangolari che si collega ad un transetto emergente. La copertura è a volte a crociera lievemente cupoliformi ritmate da arcate trasversali a sesto ribassato in doppia ghiera, in cotto con inserzione di conci in pietra. I semipilastri sono modulati dall’aggregazione di una semicolonna a due riseghe. I bracci del transetto sono coperti da volte a botte. L’incrocio tra navata e transetto dà luogo a una campata rettangolare su cui si imposta una cupola ad otto spicchi.
1090 – La chiesa originaria intitolata al Santo Sepolcro fu eretta vicino alla via di collegamento con Pavia, percorsa da viandanti e pellegrini che potevano trovare ristoro presso l’ hospitium del monastero. La scelta insediativa risponde alla tradizione e allo spirito dei Vallombrosani, che spesso predilessero luoghi isolati.
1198 – Il Vescovo Lanfranco Beccari fu spesso ospite di questo monastero e decise di trascorrere qui l’ultimo periodo della sua vita. Venne sepolto in fama di santità. AI suo nome si lega la nuova dedicazione della chiesa.
L’anno della sua morte (1198) e la datazione degli affreschi a lui dedicati (XIII sec.) vengono considerati termini di riferimento cronologico per la ricostruzione della chiesa.
1236 – Nel 1236 avviene la consacrazione della chiesa da parte del vescovo Rodobaldo Cipolla.
1237 – Nel 1237 viene eretto il campanile.
1257 – Nel 1257 viene costruita la facciata.
1400 – Il presbiterio è stato ricostruito in forme rinascimentali per volere del marchese Pietro Pallavicini de’ Scipione ed è costituito da un’ampia aula rettangolare coperta da volta a padiglione e conclusa dall’abside poligonale in cui trova posto l’arca marmorea di San Lanfranco.
1600 – Nel corso del seicento sono testimoniati diversi lavori di manutenzione.Nel secolo successivo le condizioni dell’intero complesso risultano precarie tanto che si aprì una lunga lite tra i Vallombrosani e l’allora commendatario cardinale Zondadari per la definizione dei rispettivi oneri in materia di ristrutturazione. In seguito a tale vertenza vennero interpellati dalle Diverse parti alcuni ingegneri per verificare lo stato delle strutture della chiesa e fornire un preventivo delle spese necessarie. Risultano interessanti le relazioni presentate nel giugno e nell’ottobre del 1745 rispettivamente da Giovanni Antonio Veneroni e da Antonio Ghisalberti, con la proposta di sopraelevare la copertura della navata e inserire un’armatura lignea tra le volte e il nuovo tetto. Altri più drastici interventi come l’eliminazione della prima campata e l’arretramento della facciata per fortuna non vennero realizzati.
1783 – Nel settembre del 1783 fu istituita la parrocchia.
2001 – Nel 2001 si è provveduto alla manutenzione del tetto dell’abside della Basilica.