Esternamente, l’edificio si presenta a pianta ottagonale, con un tetto a tronco di cono da cui emerge una torre poligonale con il rivestimento interessato da sedici profonde archeggiature irregolari sulle cui pareti di fondo si aprono piccole finestre a occhio, a croce e ad arco a tutto sesto.
Precede il tetto conico una corona di archetti serrati da una doppia cornice rilevata.
La cupola porta in sommità un pinnacolo, sul quale svetta un’antica croce di ferro.
La muratura è completamente diversa da quella della basilica adiacente e consiste di grossi blocchi rettangolari si entra nell’edificio da due porte, che si fronteggiano ritualmente, a nord e a sud.
All’interno, i muri sono ricoperti di pietra da taglio e accuratamente eseguiti.
Al piano terreno, le pareti di enorme spessore sono alleggerite da una serie di nicchie: sette di forma grosso modo rettangolare ed una, la più orientale, semicircolare, che accoglie un piccolo altare la cui mensa riposa su un ossuario d’età romana.
La nicchia accanto all’altare, a destra, funge invece da lapidario; in essa sono raccolte sette epigrafi d’età romana ed una carolingia.
Tra le prime figurano quattro votive: due a Giove, una al culto delle Giunoni ed una con dedica mutila.
Accanto alla porta meridionale è collocato un miliario romano.
Il vaso battesimale, situato al centro del battistero, è inserito in uno scavo ottagonale a cui si discende per una doppia gradinata che ripete il partito originario della vasca ad immersione.
Al piano terreno dell’edificio corrisponde una galleria superiore ad archi e volte a crociera su colonne e sostegni di fortuna: frammenti antichi, plinti, basi di capitelli, persino un’ara pagana con epigrafe abrasa.
La spaziosa galleria, non difesa da alcun parapetto e illuminata da tre bifore e due altre aperture molto piccole strombate verso l’interno, presenta analogie con il matroneo del battistero di Galliano.
Sulla parete meridionale è collocata un’importante epigrafe d’età romana che rammenta il pontifex Caio Gemellio Terzio salito al massimo grado della gerarchia sacerdotale pagana.
Un antico bacile marmoreo, sostenuto da una colonnina tortile, è accostato ad una piccola nicchia ricavata nel paramento murario orientale.
Sopra le arcate comincia il tamburo della cupola, prisma a sedici lati, che si raccorda alla base ottagonale per mezzo di piccole trombe a gradini situate nei timpani delle arcate.
All’interno, le decorazioni scultoree fitomorfe e zoomorfe, tipiche del periodo romanico, sono ridotte essenzialmente agli esemplari visibili sui capitelli.
Il battistero, cronologicamente assegnabile ad un periodo non inferiore alla metà del XII secolo, pur ricordando per certi versi alcuni tentativi carolingi, in particolare la Cappella Palatina di Acquisgrana, trova riscontro, con questa associazione di piani a nicchie e a galleria, con l’abside centrale del san Fedele a Como e con la piccola chiesa di santa Maria del Tiglio a Gravedona.