Le prime attestazioni dell’esistenza di un presidio militare presso il Ticino risalgono al IV sec. D.C.
Il primo accenno alla chiesa di Bernate si ha in un documento del 1045 in cui venivano espressamente citati il Castrum Brinati e la relativa chiesa castrense, dedicata a San Giorgio.
Nel 1064 la chiesa fu oggetto di permuta tra il piemontese monastero di S. Fruttuaria e il monastero di San Vincenzo a Milano.
Nel 1150 l’abate del monastero di Sant’Ambrogio conferì alla potente famiglia milanese dei Crivelli, a titolo di feudo, le terre e i possedimenti di Bernate.
La casata dei Crivelli visse il proprio apice sociale quando, nel 1185, venne eletto Papa Uberto Crivelli, con il nome di Urbano III. A lui si deve la fondazione, nel 1186, della Canonica di Bernate Ticino.
L’ incarico di trasformare il castrum in Canonica ai Canonici Regolari secondo la Regola di Sant’Agostino con un decreto di esenzione monastica, che li rendeva direttamente dipendenti dal Papa.
Grazie a questo legame diretto la Canonica visse un lungo periodo di prosperità e di importanza. Nel 1498, Papa Alessandro VI affida la commenda di Bernate ad Antonio Stanga, segretario personale di Ludovico il Moro.
Nel 1511, la Canonica viene aggregata alla chiesa di San Giovanni in Laterano (a Roma), retta dai Canonici Regolari Lateranensi, perdendo definitivamente l’esenzione monastica.
Tra il 1582 e il 1618 i Canonici si impegnano nella edificazione della nuova chiesa, su progetto di Martino Bassi e dedicata a San Giorgio.
La soppressione della Canonica, per decreto dell’amministrazione austriaca di Maria Teresa d’ Austria arrivò nel 1772. Tutti i suoi beni furono venduti all’ asta.