La chiesa parrocchiale della Barona, sorge sul sito cui San Carlo Esisteva anticamente in Barona, Cesare Cantù nella sua “Grande illustrazione del Lombardo-Veneto” la fa risalire addirittura ai primi anni del cristianesimo, probabilmente fin dal secolo XIV°, una chiesina che serviva come luogo di culto, in particolare per la celebrazione della S. Messa domenicale, per gli sparsi abitanti della vastissima zona periferica. La chiesa, con i numerosi fondi agricoli e probabilmente la stessa cascina Barona, apparteneva ai monaci benedettini del Monastero di San Celso, da cui deriva il titolo della chiesa: Santi Nazaro e Celso.
Questo stato di cose durò fino l’anno 1567 quando una delegazione di cittadini si recò dall’Arcivescovo Carlo Borromeo chiedendo che la loro chiesa fosse elevata a chiesa parrocchiale con un sacerdote stabilmente in luogo. San Carlo accolse la richiesta e nei giorni 3, 4 agosto 1567 con atto notarile stillato presso il notaio Giovanni Pietro Scotti la vecchia chiesina divenne finalmente parrocchia conservando la primitiva dedica ai santi Nazaro e Celso.
Chiesa e popolazione conobbero anche momenti assai tristi: guerre, invasioni, pestilenze, ecc.. Soprattutto le due pestilenze del 1630 e del 1700 che ne decimarono gli abitanti. Anche la chiesa ne risentì; in seguito ad una non esatta interpretazione del Tribunale della Sanità, l’ufficio d’igiene di quei tempi, in occasione della peste del 1629-’30 di manzoniana memoria per iniziativa popolare furono ricoperti di calce tutti i primitivi affreschi che decoravano le pareti.
È rimasto solo una parte della parete absidale di quella chiesa, dietro l’attuale altare della Madonna, che mostra l’intonaco di calce e parte degli affreschi. Nel 1845 anche la vecchia chiesa si dimostrò insufficiente a contenere tutta la popolazione dei credenti. Fu così che i parrocchiani decisero di modificarla radicalmente costruendone una nuova sullo stesso luogo.
Nella complessità degli importanti lavori di ampliamento, anche l’organo fu rifatto su quello esistente. Infatti, come risulta da documenti parrocchiali del 1778, a seguito di una visita pastorale del delegato del vescovo, lo stesso ne dichiarava la presenza scrivendo che “La chiesa è dotata di un organo”. L’organo nuovo verrà poi inaugurato nel 1895 come riportato nella medaglia commemorativa depositata presso la raccolta del Comune di Milano.
Verso la fine degli anni ’70 dopo quasi 80 anni di servizio, l’organo storico della Barona ha smesso di suonare per importanti danni dovuti all’usura.
Si è dovuto aspettare il 2016, dopo quasi 40 anni di silenzio, per avviare il lungo processo di restauro globale che ha permesso alla comunità di riascoltarne, in via del tutto eccezionale, i bellissimi suoni dell’organo Marelli nella notte di Natale del 2023.
L’inaugurazione ufficiale dell’Organo, dopo un periodo di assestamento in loco nel suo habitat originario, sarà fatta dall’arcivescovo di Milano, Mons. Mario Delpini, il 19 aprile 2024.