La chiesa dei santi Rocco e Sebastiano sorge sul fondo della piazza centrale di Montegrino e fu costruita per voto popolare come scampato pericolo durante la pestilenza del 1629-31. È preceduta da una possente ‘croce stazionale’, ossia una colonna votiva sormontata da una croce di metallo: probabilmente innalzata durante la medesima occasione e al medesimo scopo, la colonna forma con la chiesa un suggestivo quadro urbano. L’edificio fu costruito seguendo il modello della simplex ecclesia, così come scaturito dall’intensa opera di riforma promossa da S. Carlo, con aula unica rettangolare e cappella maggiore, pure a profilo rettangolare. L’invaso principale è scandito in tre campate e coperto con una volta a botte ‘unghiata’ per lasciare spazio alle finestre (tre per parte) aperte sopra il cornicione. Secondo il progetto del 1631 presentato alla Curia di Milano, un elaborato partito architettonico doveva inquadrare il coro, e quindi l’altare maggiore, secondo quella convergenza verso il momento eucaristico ancora una volta derivante della predicazione di S. Carlo: due lesene doriche, infatti, erano collocate a sottolineare l’arco trionfale. Probabilmente già in corso d’opera si scelse invece di estendere a tutto l’edificio il motivo delle lesene coronate da capitello ionico di non raffinata fattura, ma certamente di dotta e anticipata introduzione nella zona del Luinese. La facciata presenta evidenti segni di rifacimenti, anche novecenteschi, ma conserva inalterato il disegno originale con doppio ordine di lesene e frontone sommitale. Oltre che durante la ricorrenza padronale (per la quale era usanza, un tempo, accendere un falò sul sagrato), la chiesa è teatro della processione della Madonna del rosario che, in partenza dall’antica parrocchiale di S. Ambrogio, si conclude nel centro dell’abitato di Montegrino.
1631 – Nel febbraio 1631 gli abitanti di Montegrino inviarono il disegno per un oratorio dedicato ai santi Rocco e Sebastiano, da innalzare nel centro del paese. L’iniziativa, sostenuta dall’intera popolazione, rispondeva a un duplice scopo: erigere un ex voto per la liberazione dalla peste, che dal 1630 a quell’anno aveva imperversato sulle rive del Verbano; dotarsi di una chiesa più comoda rispetto all’antica parrocchiale di S. Ambrogio, costruita in posizione utile al servizio di varie frazioni, ma lontana dall’abitato. Per soddisfare quest’ultima esigenza, fu istituito dal 1634 un servizio coadiutoriale che alleggerisse il parroco di alcune celebrazioni nelle diverse chiese. L’oratorio fu terminato nel volgere di breve tempo, ma con dimensioni e slancio decorativo ridotti rispetto al disegno prospettato in Curia.
1726 – L’altare maggiore, con ancona a parete in marmi policromi, è datato 1726 grazie all’iscrizione sul fregio: PAUPERTAS ET CONSTANTIA 1726.
XIX – Nel 1748, durante la visita del card. Giuseppe Pozzobonelli, la chiesa era dotata di un solo altare laterale, racchiuso in una “cappella minor” che si apriva sulla parete sinistra. Era dedicata alla Madonna di Loreto di cui conservava un’effige “in tabula picta” purtroppo perduta. Come dimostrano le evidenti discontinuità murare, invece, le attuali cappelle laterali, affrontate al centro dell’aula unica, sono frutto di un intervento successivo, non documentato, ma certamente tardo-ottocentesco.
XIX – Nel 1748 la chiesa era priva di campanile. Questo fu aggiunto in seguito sul fianco settentrionale della chiesa, forse in continuità con la creazione delle cappelle laterali. Per dar forma alla nuova torre si sfruttarono le possenti strutture murarie, di origine medievale, già esistenti in loco prima del cantiere seicentesco della chiesa e in parte, forse, sacrificate allo scopo.
XX – La facciata fu interessata da interventi di manutenzione durante i primi decenni del XX sec., come dimostrano gli intonaci pesantemente ritoccati su campiture ed elementi decorativi. Rimase però intatto il disegno complessivo seicentesco, con doppio ordine di lesene e timpano, probabilmente mutuato dalla fabbrica del S. Carlo nella vicina Germignaga (dal 1626). In occasione dei medesimi lavori novecenteschi furono introdotte nelle nicchie le due statue dei santi titolari, sino ad allora mancanti.