La chiesa è situata sul lato sinistro in adiacenza della chiesa parrocchiale di Rovato, e si accede tramite essa. L’aula è stata ricavata nello spazio tra la cappella di S. Carlo Borromeo e la precedente cappella del Sacro Cuore, per cui la chiesa non presenta la facciata. L’interno è ad aula unica con volta a botte ribassata, dotata di finestre sul lato sinistro, con il presbiterio caratterizzato da un insolita conformazione semicircolare, risalente ad una precedente struttura, dotato di copertura voltata e fondale absidale su cui è impostata la grande soasa con altare dedicata al Sacro Cuore di Gesù.
1470 – Viene costruita la struttura originaria circolare, definita “torrione di Santa Maria” risalente all’attuale presbiterio tra il 1470 ed il 1485.
1824 – Viene completata la parte relativa all’aula ad opera dell’architetto di Palazzolo Carlo Antonio Manna.
1840 – La chiesa e viene dedicata a S. Luigi Gonzaga.
1902 – La chiesa assume le fattezze attuali grazie all’intervento di modifiche e collegamento tra il torrione di S. Maria e la chiesa di S. Luigi Gonzaga attuato dall’architetto Melchiotti; in quest’occasione la chiesa viene dedicata al Sacro Cuore di Gesù.
1902 – Viene realizzato l’apparato decorativo ad opera di Francesco Rubagotti di Coccaglio.
1903 – Viene realizzato l’aptare maggiore ad opera di Clemente Rivetti di Rovato.
1988 – La chiesa viene restaurata interamente.