L’edificio presenta orientamento nord-est/sud-ovest (parallelo al corso del Naviglio Grande) ed affaccia sul sagrato rivestito in ciottoli e serizzo.
La chiesa attuale è il risultato della fusione del corpo più antico corrispondente all’attuale navata di sinistra e della cinquecentesca Cappella Ducale, posta fra questa ed il Naviglio.
La porzione sinistra della facciata a capanna è caratterizzata dal portale gotico in cotto con mensole antropomorfe in marmo bianco al centro del quale spicca il rosone a raggi intrecciati: poco più in alto sono riconoscibili gli stemmi dei Visconti, di Milano e del cardinale Pietro Filarlo da Candia.
La facciata della Cappella Ducale presenta un portale tardo gotico affiancato da due alte monofore e sormontato dagli stemmi dei Visconti e di Milano: tracce della decorazione policroma che interessava l’intero prospetto principale sono ancora visibili. Il campanile, realizzato a cavallo delle due strutture, presenta una cuspide a cono cestile e monofore su due ordini.
All’interno, l’attuale navata sinistra presenta un ambiente ad aula unica concluso dall’abside semicircolare, introdotta da un arco a sesto acuto: un soffitto ligneo a cassettoni cela la struttura a capriate dell’aula, mentre l’abside è conclusa da una semicupola e ospita due monofore.
Due grandi archi furono creati per mettere in comunicazione le due chiese: l’attuale navata destra, priva di abside, è costituita da un ambiente unico, le cui due campate sono voltate a crociera e presentano lungo la facciata laterale un grande finestrone neogotico in corrispondenza della prima e un’apertura circolare al centro della seconda, entrambe a vetrate policrome.
L’apparato decorativo superstite della navata sinistra è per lo più concentrato in corrispondenza dell’arcone trionfale e dell’abside: il primo presenta un affresco dell’Annunciazione e l’intradosso decorato da tondi con gli apostoli a mezzo busto, mentre nel catino absidale è raffigurato il Padre Eterno affiancato dai simboli dei quattro Evangelisti e le figure dei Santi Giovanni, Giacomo, Caterina da Siena e Cristina nel registro inferiore.
La Cappella Ducale presenta in controfacciata un affresco del primo quattrocento il cui registro inferiore è costituito da una Crocefissione, mentre nella porzione superiore è rappresentata la Madonna in trono affiancata dai Santi Cristoforo ed Antonio Abate. Sulla parete opposta è invece visibile ciò che rimane dell’affresco tardo quattrocentesco raffigurante la Crocefissione.
1192 – Nel 1192 viene ricostruita, in luogo della precedente, la chiesa che attualmente costituisce la navata sinistra.
1364 – Nel corso del XIV secolo la chiesa di sinistra viene ampiamente rimaneggiata e nel 1364 viene aggiunto in facciata il portale ed il rosone in cotto.
1399 – Tra il 1399 e il 1404 viene eretta per volere di Gian Galeazzo Visconti la Cappella Ducale, che attualmente costituisce la navata destra.
1625 – Nel 1625 vengono aperti i due archi nella cortina muraria che separava le due chiese.
1929 – Tra il 1929 ed il 1955 viene avviato un piano di recupero dalla Soprintendenza e da un Comitato per il restauro, che ripristina le aperture originarie e fa venire alla luce una serie di affreschi.
2010 – Nel 2010 viene realizzato ed installato il nuovo organo.
2015 – Nel corso del 2015 viene restaurato l’affresco della controfacciata della Cappella Ducale.
2016 – Tra il 2016 ed il 2017 l’arcone trionfale che introduce all’abside è oggetto di interventi di restauro.