San Gregorio è adiacente alla Collegiata di S. Materno, edificata successivamente e collegata alla prima tramite un corridoio.
La struttura è di piccole dimensioni con lo stile tipico degli oratori cinquecenteschi a unica aula quadrangolare, suddivisa in due campate da un arco in muratura a tutto sesto. Le due campate si presentano con volte a crociera, lunette e vele in corrispondenza delle aperture laterali.
La pavimentazione è costituita da antiche pianelle quadrangolari di marmo Nero di Varenna posate in diagonale. L’attuale orientamento dell’altare è invertito rispetto alla struttura originale della chiesa, infatti la mensa lignea è collocata a ridosso della porta d’ingresso principale.
Tutte le superfici interne sono tinteggiate con toni chiari.
VI secolo – Prima del convento di Pescarenico esisteva solo la chiesetta dedicata a S. Gregorio che risultava povera e disadorna anche agli occhi di S. Carlo Borromeo, in occasione della sua Visita Pastorale dell’11 ottobre 1566. Il Cardinale sollecitò il restauro ma i fedeli di Pescarenico, nella loro povertà, non ebbero la possibilità di realizzarlo.
La scarsa bibliografia attesta che le origini della chiesa sono Longobarde.
1902 – In occasione dei restauri del 1902 venne aperto un arco per collegare le due chiese, modificando così l’orientamento e l’apparato liturgico. L’antico altare in marmo policromo da S. Gregorio venne spostato in una cappella laterale della chiesa parrocchiale, opportunamente preparata e fatta dipingere dal Grisante. Ora l’altare è dedicato a S. Giuseppe.