La chiesa di San Martino di Magnago ha una pianta a navata unica con coro a testata rettilinea. La facciata è a capanna, scandita da lesene poco sporgenti che reggono il cornicione. Due nicchie ospitano statue della Madonna e di Papa Giovanni Paolo II. L’ingresso principale si trova in facciata, un ingresso laterale sul lato meridionale. All’interno, la navata è coperta da un soffitto ligneo a cassettoni. Il presbiterio, sopraelevato di un gradino, è coperto da una volta a crociera. La chiesa è illuminata da tre finestre quadrangolari lungo il perimetrale sud.
XIII – La chiesa di San Martino di Magnago è citata per la prima volta, alla fine del XIII secolo, nell’opera di Goffredo da Bussero, “Liber Notitiae Sanctorum Mediolani”.
1566 – Nel 1566 la chiesa viene visitata dal preposito della pieve di Dairago, Francesco Cermenati, che la trova in rovina e ne dichiara l’interdizione al culto. Nel 1568 la Curia di Milano impone al parroco di restaurarla e celebrarvi la messa, pena la sconsacrazione definitiva. Nel 1580 il parroco di Magnago Benedetto Croce invia alla Curia Milanese una piantina della chiesa e una descrizione sul suo stato di fatto: l’oratorio misurava 8×5 m, il solo presbiterio 4×4 m, ossia le dimensioni attuali. Nel 1581 il cardinale Carlo Borromeo visita la chiesa e la trova abbandonata e priva di arredi liturgici, disponendone una nuova dotazione. I parrocchiani non obbedirono alle prescrizioni vescovili se, nel 1605, il cardinale Federico Borromeo fece della piccola chiesa un resoconto drastico: ordinava di farla demolire e di costruirne una nuova. A questo punto l’oratorio venne finalmente restaurato.
XVIII – Nel XVIII secolo la chiesa era di proprietà dei nobili Della Croce e confluì tra i beni dell’Opera Pia Croce. Nel 1914, per decreto del re Vittorio Emanuele III, l’Opera Pia venne assimilata alla Congregazione di Carità di Magnago. Nel 1937 la chiesa fu acquisita dall’Ente Comunale Assistenza e nel 1953 tornò alla Parrocchia di Magnago.
2005 – Nel 2005 venne restaurato il soffitto ligneo a cassettoni, l’interno della chiesa venne intonacato e tinteggiato, furono installati gli impianti di riscaldamento e di illuminazione. Dietro all’altare venne alla luce l’antico affresco della Crocifissione, restaurato nel 2007 e databile tra la seconda metà del XV e gli inizi del XVI secolo.