La chiesa, con orientamento est-ovest, è situata su un promontorio sopra l’abitato di Civate a 662 m sul livello del mare ed è raggiungibile solo percorrendo una mulattiera che parte dal paese. L’edificio fa parte del complesso del Monastero di San Pietro al Monte costituito anche dalla chiesa di San Benedetto. La chiesa di San Pietro al Monte presenta una conformazione con pianta bi-absidata, con scalone di accesso posto a est. La facciata, visibile dopo aver superato lo scalone di accesso in pietra, è protetta da un pronao che ne ripete l’andamento convesso, con portale d’ingresso centrale preceduto da tre gradini in pietra e sormontato da un affresco con la raffigurazione della consegna delle chiavi a San Pietro e del libro a San Paolo.
L’interno della chiesa si sviluppa ad unica aula con intradosso della copertura lignea a vista, con due absidi, quella est è suddivisa in tre parti con l’ingresso alla chiesa e quella ovest è posta a coronamento del presbiterio. In corrispondenza dell’ingresso le superfici sono interamente affrescate con decorazioni e bassorilievi in stucco, con l’ingresso con volte a crociera delimitato da balaustre con bassorilievi in stucco e colonne tortili e due cappelle dedicate rispettivamente ai Santi a destra e a sinistra agli Angeli. In corrispondenza delle pareti laterali sono presenti vari riquadri affrescati con la raffigurazioni della Madonna con Bambino e Santi e San Pietro papa. In corrispondenza della parete destra sono presenti due parapetti con decorazioni in stucco che delimitano la scala di accesso alla cripta. Il presbiterio è delimitato da gradini e presenta la mensa centrale sormontata da un ciborio con decorazioni in stucco, con abside semicircolare a conclusione. In corrispondenza della controfacciata è l’affresco con la raffigurazione di un brano dell’Apocalisse di San Giovanni con cornici in stucco. La cripta, scandita in campate, è suddivisa in tre navate da colonne ricoperte in stucco, con l’altare posizionato in corrispondenza della navata centrale con mensa in muratura e decorazioni con la raffigurazione della Dormizione della Vergine e della Crocifissione posti sulla parete di fondo. Sulle pareti e sulle volte sono presenti lacerti delle decorazioni ad affresco ed in stucco. Dalla porta sul lato sud della cripta si accede in un ambiente dove sono visibili le fondazioni dell’edificio altomedievale, oggetto di recenti scavi archeologici e restauri.
IX – La chiesa faceva parte del Monastero di San Pietro al Monte la cui fondazione risale probabilmente verso il IX secolo, data del primo documento in cui viene citato il monastero. L’edificio venne successivamente ampliato probabilmente nel secolo XI.
XVI – A partire dal 1500 si insediarono nel monastero i monaci Olivetani che realizzarono alcune opere di modifica e completamento della chiesa, con la formazione di affreschi in corrispondenza delle pareti laterali e l’apertura di nuove finestre.
1798 – Nel 1798 i monaci Olivetano lasciarono il monastero.
1975 – A partire dal 1975 vennero eseguite opere di risanamento e restauro della chiesa con il rifacimento della copertura, il risanamento delle murature, il restauro delle superfici affrescate e la formazione dell’impianto elettrico. Le opere di restauro sono tutt’ora in corso.