La chiesa è situata in località Villa di Gargnano; anticipata da un sagrato, la chiesa presenta un impianto a capanna, con il fronte caratterizzata da due aperture centrali, tra cui un portale ed una finestra rettangolare, affiancate da quadrature in rilievo che ne decorano la facciata. A coronamento vi è un timpano aggettante, dotato di croce metallica in sommità. L’interno è ad aula unica, dotata di cappelle laterali, interamente affrescata e decorata e con la copertura voltata a botte. Il presbiterio è rialzato e quadrangolare, ha copertura voltata a vela e termina in un fondale absidale semicircolare affrescato. A fianco della chiesa vi è la sacrestia ed il campanile.
XIV – Viene realizzato l’affresco rappresentante Un angelo in lacrime che indica il sacro volto di Gesù, posto nei pressi della porta che conduce al campanile; quest’opera fu voluta dalla confraternità della Disciplina, che nel XIV-XV secolo aveva sede nella chiesa.
XV – La chiesa viene costruita tra il XIV ed il XV secolo.
XVI – La chiesa viene completamente ristrutturata nel XVI secolo.
XVI – Viene realizzato parte dell’apparato decorativo del XVI secolo.
1535 – Viene realizzato l’affresco di S. Libera, per volontà delle donne di Villa, come ringraziamento per la frequenza dei parti gemellari che si verificarono nella frazione
XVII – Viene realizzato parte dell’apparato decorativo del XVII secolo.
XVIII – Viene realizzata la cappella della Madonna, situata sul lato sinistro, a fianco del presbiterio.
XIX – La chiesa viene interamente ristrutturata nel XIX secolo.
1904 – Nel 1904 don Conforti, parroco di Gargnano, caldeggiava il ritorno dei frati per contrastare il diffondersi dell’anticlericalismo massonico; decise pertanto di destinare l’uso della chiesa ai frati minori.
1906 – Viene costruito il convento nei pressi della chiesa per volontà di monsignor Pietro Feltrinelli; l’opera è dell’architetto milanese Carlo Cesa Bianchi.
1926 – Il convento viene completato nel 1926.
1956 – La chiesa viene restaurata interamente nel 1956.
1956 – Viene realizzata la decorazione interna ad opera di Roberto Bottoli di Maderno, e l’affresco dedicato all’Incredulità di S. Tommaso, opera di Vittorio Trainini.