La chiesa parrocchiale di San Zenone in Omate si colloca in uno degli ambienti più caratteristici del territorio agratese. La scelta di girarne l’orientamento la inserisce in uno spazio dove elementi di tipo paesaggistico ed urbanistico concorrono a delimitare un viale dove convivono armoniosamente le linee della villa settecentesca e la facciata della chiesa. La parte esterna della chiesa mostra tutte le forzature d’impianto dovute alle trasformazioni seguitesi nel tempo. La facciata in stile barocco che si conclude con una poderosa cornice, arretrata rispetto l’ingresso ma in linea con gli edifici rurali circostanti, presenta una finestrella centrale dalla forma baroccheggiante, ed è ripartita da quattro lesene che delimitano porzioni di muratura dipinte con gli stemmi nobiliari. L’impianto è basilicale.
1570 – La chiesa di Omate, che nel XIII secolo troviamo dedicata a San Paolo, venne in seguito presentata negli atti delle visite pastorali del Cinquecento, dedicata a San Zenone. Venne descritta per la prima volta da Leonetto Chiavone come una piccola costruzione, cui mancava il soffitto, le cui pareti non erano imbiancate ed era priva di campanile e di segrestia. Durante la visita pastorale di San Carlo Borromeo egli ne diede una più ampia descrizione. La chiesa aveva un’unica navata e conteneva tre altari: uno dedicato a San Zenone, che guardava ad oriente come canonicamente prescritto, uno alla Beata Vergine a nord e uno al Corpus Domini a sud. La chiesa si presentava illuminata da quattro finestre, priva di soffitto, con una copertura in tegole e con il pavimento ineguale. La chiesa presentava numerose crepe e necessitava di riparazioni.
1590 – Nel 1590, a seguito della visita pastorale di San Carlo Borromeo, venne deciso di costruire una nuova chiesa che venne benedetta quattro anni dopo. La chiesa era rivolta ad ovest ed era lunga 30 cubiti e larga 15. Il pavimento era in mattoni e le pareti erano ornate da pitture. Presentava una cappella maggiore di forma semicircolare che venne dipinta nel 1601 e la fonte battesimale di forma rotonda collocata in una seconda cappella. Nel 1606 la chiesa non era stata ancora conclusa.
1753 – Il principe Tolomeo Trivulzio, prese l’iniziativa di riedificare la chiesa parrocchiale, che all’epoca si presentava vecchia e fatiscente, anche a seguito delle opere che vennero effettuate presso la sua villa. L’abside della vecchia e cadente chiesa sorgeva nei pressi dell’ingresso della villa e ai lati vi erano presenti delle case che non potevano essere demolite, quindi si procedette alla ricostruzione e all’ampliamento, allungando la chiesa dalla parte dell’abside, venne invertito il coro per collocare la nuova facciata sulla nuova strada che conduceva alla villa in modo da poter avere i due ingressi, della villa e della chiesa, affiancati. La vecchia chiesa venne demolita dalle fondamenta e ricostruita a croce latina con un’unica navata, vennero posti quattro altari e una nuova cappella battesimale collocata a sinistra dell’ingresso della chiesa. Tutte le cappelle vennero adornate con pitture. Nel 1761 venne commissionato un nuovo altare maggiore in marmo policromo.
1828 – La chiesa venne ampliata perchè la sua capienza era inadeguata. L’allargamento venne effettuato occupando una parte della corte adiacente e parte della tinaia della casa parrocchiale. Nel 1831 la chiesa ristrutturata, con navate laterali e un nuovo altare, venne benedetta.
1965 – Nel 1965 la chiesa venne ampliata verso al piazza.