La facciata, originale del Quattrocento, è preceduta da un ampio portico costruito successivamente. Appena sotto la copertura, in legno e cotto, di questo atrio si possono osservare da sinistra a destra le figure affrescate di santa Chiara, san Bonaventura, san Luigi da Tolosa e santa Caterina, due a sinistra e due a destra del portale centrale. Notevole, nel registro inferiore, il frammento raffigurante cinque francescani, facente parte probabilmente dell’abside della cappella originaria. Sopra il portale in pietra scura è posta una lunetta recante il monogramma di Bernardino da Siena e sant’Antonio da Padova.
L’interno si sviluppa su un’unica navata arricchita sul muro di sinistra da tre cappelle poligonali coperte da volte a ombrello. La copertura attuale della navata ripropone l’originale struttura a capanna con tetto a vista sostenuto da archi a tutto sesto. L’abside è decorato da una lunetta centrale con una Madonna col Bambino affiancata da tre coppie di angeli, datata 1502. L’immagine della Vergine, sovrastata da una vela nella quale compare il Padre Eterno, è affiancata da quelle di Bonaventura e Ludovico da Tolosa. Fra gli altri affreschi dell’abside è interessante un Ecce Homo attribuito a Paolo Caylina il Giovane. Sull’angolo destro fra il presbiterio e la navata è posta invece una Sacra conversazionecon la Vergine col Bambino, seduta in trono, affiancata dai Santi Lorenzo e Francesco D’Assisi, datata 1506. Nella prima cappella dall’ingresso è conservata la Stigmatizzazione di san Francesco, nella seconda una Natività datata 1514 e una Flagellazione, mentre nella terza è custodito un trittico con i Santi Antonio abate e Antonio da Padova. Nella basilica, prima della spoliazione napoleonica, esistevano due importanti opere del Moretto: il polittico dell’Assunta e una grande pala con la Madonna col Bambino in gloria con santi, opere eseguite tra il 1530 e il 1540 circa. Del polittico, oggi smembrato tra il Museo del Louvre e la Pinacoteca di Brera, rimane oggi solo la l’originale cornice lignea, riempita con fotografie che riproducono i dipinti trasferiti. Un altro polittico, raffigurante la vita di Gesù e di san Pietro, è ora ospitato in parte nella Pinacoteca Tosio Martinengo di Brescia, forse altra opera di Paolo Caylina il Giovane. Fra le tele ancora presenti nel tempio si segnalano la pala di controfacciata, di scuola gandiniana e raffigurante la Madonna col Bambino e santi, e una Crocifissione di Bernardo Podavini del 1774. Notevole è anche il grande Crocifisso cinquecentesco esposto nell’omonima cappella
XV – Viene realizzato a partire dal XV secolo.
XV – L’antica chiesa viene costruita nella seconda metà del XV secolo; di questa cappella risale il presbiterio e le decorazioni annesse.
1442 – La chiesa viene realizzata insieme al convento dedicato a S. Bernardino da Siena situato a fianco, a partire dal 1442, grazie ad una donazione della famiglia Avogadro.
1496 – Viene completata una primitiva cappella.
1512 – La chiesa viene consacrata.
1797 – la chiesa viene espropriata ai frati francescani.
XIX – La chiesa viene ristrutturata verso la metà del XIX secolo.
1920 – La chiesa è interessata da un restauro su iniziativa di privati.
1985 – Sul pavimento dell’abside è collocato un organo a canne costruito dalla ditta di Crema Inzoli-Bonizzi nel 1985.
XXI – La chiesa viene interessata da un intervento di restauro dell’apparato decorativo nei primi anni del Duemila.