La chiesa di Sant’Anna a Varese presenta una pianta ad aula unica rettangolare con abside rettangolare e due cappelle laterali. Tenendo le spalle alla facciata, a destra si trova una cappella a pianta rettangolare voltata a botte. Sulla parete di fondo è affrescato un finto altare in pietra riccamente decorato e ornato da festoni di fiori. Al centro si trova un dipinto raffigurante S. Liberata. Sul lato opposto una cappella speculare contiene una tela raffigurante il Sacro Cuore al centro di un finto altare in pietra affrescato, ornato con visi angelici e fiori. L’area presbiteriale è separata dalla navata da un gradino e da una balaustra in marmo marrone con intarsi in marmo nero. Un semplice altare in marmo è posizionato davanti all’antico altare. Quest’ultimo è esaltato da un finto altare affrescato con colonne e statue di angeli sulla parete di fondo, al centro del quale si colloca una pala raffigurante l’Adorazione del Bambino. Sulla parete di destra, tenendo le spalle alla facciata, si trova la rappresentazione dell’Annunciazione all’interno di una cornice affrescata. La volta è caratterizzata da affreschi con cornici e motivi architettonici e, al centro, un finto oculo con balaustra. L’arco di separazione tra il presbiterio e la navata, coerentemente con l’apparato decorativo dell’abside, presenta motivi architettonici, mensole e cornici a effetto trompe l’oeil, arricchiti da fiori e frutti. Le superfici della navata sono caratterizzate da un apparato decorativo più sobrio: sulle pareti si trova una finitura gialla contornata da cornici grigie dipinte. Una cornice in finto marmo enfatizza la separazione tra le pareti e la volta a botte, anch’essa avente una semplice finitura ocra chiaro con cornici bianche a enfatizzarne la geometria. La chiesa è illuminata da vetrate rettangolari collocate sia in corrispondenza delle pareti laterali sia della facciata.
La facciata principale della chiesa segue un semplice profilo a capanna con timpano triangolare. La zoccolatura in pietra è interrotta al centro da un portale con timpano curvilineo, affiancato su ogni lato da una piccola vetrata rettangolare con grata metallica e davanzale in pietra. Sopra alle aperture si intravedono due figure affrescate all’interno di finte nicchie. La porzione sommitale della facciata, divisa da quella sottostante da una sporgente fascia marcapiano, è dotata al centro di una vetrata rettangolare enfatizzata da una semplice cornice. Ai lati due si intravedono tracce di affreschi contornate da cornici rettangolari. All’interno del timpano triangolare si trova un affresco raffigurante la Madonna. La facciata presenta un rivestimento a intonaco con una finitura ocra chiaro e grigia in corrispondenza delle lesene laterali e delle cornici del timpano.
XVIII – La costruzione della chiesa di Sant’Anna ebbe inizio nei primi anni del XVIII secolo.
XVIII – All’interno della chiesa si trovano affreschi attribuiti alla scuola di Pietro Antonio Magatti.
1755 – La Chiesa di Sant’Anna venne citata nel 1755 come “Oratorio di Sant’Anna” nel corso della visita pastorale dell’arcivescovo Giuseppe Pozzobonelli alla pieve di Varese.
1990 – Agli inizi degli anni ’90 del XX secolo si operò un restauro degli affreschi della chiesa.