Il fronte dell’edificio è rimasto incompiuto, vi si trovano tracce della struttura gotica primitiva, nelle pietre squadrate che occupano parte della zona inferiore, mentre il rivestimento in arenaria del muro di sinistra risale all’impianto cinquecentesco come forse il rosone e la finestra murata a destra. La fase settecentesca è testimoniata dalla sopra elevazione della facciata con due nicchie vuote e dall’inserimento del portale decorato.
Internamente la chiesa si presenta in forme rinascimentali, opera dell’architetto Pietro Isabello, ed ha un’unica navata, su cui sono disposte dieci cappelle, cinque per lato, separate fra loro da colonne addossate a lesene poggianti su un alto basamento. L’ordine architettonico sorregge una trabeazione su cui si innesta un’ordine attico ridotto, sulla cui cornice si imposta la volta a tutto sesto, in cui sono presenti in corrispondenza delle campate, le aperture finestrate con relativa strombatura di raccordo. Nei pennacchi delle grandi arcate delle cappelle sono raffigurati all’interno di tondi busti di personaggi biblici; essi, sono l’unico elemento conservato della preesistente chiesa trecentesca dei celestini. Molte cappelle furono realizzate per iniziativa individuale di singole famiglie; in ogni cappella si inseriscono negli angoli quattro colonne che reggono la trabeazione con fregio la volta a tutto sesto, decorata.
Nella prima campata è presente a sinistra la cappella di S. Giovanni Battista e a destra quella dedicata alla Deposizione del Signore. Nella seconda campata sono presenti a sinistra la cappella dedicata allo Spirito Santo e a destra quella dedicata a S. Antonio da Padova. Segue la terza campata con a sinistra la cappella dedicata alla Madonna del Buon Consiglio e a destra quella dedicata al Sacro Cuore di Gesù. Nella quarta campata sono presenti a sinistra la cappella dedicata al S. Crocifisso e a destra quella dedicata alla Madonna e ai Santi Antonio, Sebastiano, Agostino e Caterina. Nella quinta ed ultima campata vi è a sinistra la cappella dei Santi Pietro e Paolo e a destra quella dedicata alle Sante Caterina ed Orsola.
Dalla navata si accede al presbiterio a pianta rettangolare, alzato di quattro gradini rispetto all’aula, con altare maggiore proveniente dalla chiesa del Galgario. Il presbiterio si conclude con un coro absidato; attraverso una porta posta a destra del presbiterio si entra nel vano che conduce alla sagrestia.
1311 – il monastero di Santo Spirito con l’annessa chiesa a tre navate e l’ospedale, fu fondato dal Cardinale bergamasco Guglielmo Longhi, affidandolo all’ordine dei Celestini
1475 – nel programma di riorganizzazione delle comunità monastiche, voluta dal governo veneziano, i frati celestini furono allontanati e a loro, subentrarono i Canonici Regolari Lateranensi. I Canonici, indotti dal desiderio di dar sede degna al loro Ordine allora in fase di espansione in tutta Italia, intrapresero una vasta operazione di ristrutturazione della chiesa su disegno di Pietro Isabello. I lavori di ristrutturazione subirono rallentamenti ed interruzioni a causa delle guerre che sconvolsero la città negli ultimi anni del Quattrocento e nei primi decenni del Cinquecento. Intorno al 1560 erano edificate tutte le cappelle, ma rimaneva intatto il resto dell’antica costruzione a tre navate
1730 – per opera dell’architetto Gianbattista Caniana, la chiesa venne completata eliminando le navate e costruendo una volta sopraelevata con membrature trasversali in corrispondenza delle colonne.
1785 – l’ordine dei Lateranensi fu secolarizzato e i locali del convento passarono alla “Pia Casa di Ricovero”
1856 – vennero rifatto la pavimentazione interna
1858 – vnne rinnovato il coro su disegno di Vincenzo Lucchini e in tale occasione vennero rimossi il Monumento di Agostino e Luigi Tasso.
1914 – viene posato un nuovo altare nella cappella della Beata Vergine Maria
1934 – vengono installati dei lampadari in ferro battuto
1966 – vennero presentati dei progetti per la sistemazione ed il completamento della facciata
1971 – viene restaurata la facciata
1972 – viene posata in facciata la monumentale opera in bronzo “Discesa dello Spirito Santo” opera di Francesco Somaini
1973 – viene realizzato uno impianto di riscaldamento e contemporaneamente vengono effettuati lavori di ristrutturazione al presbiterio.
1978 – viene ripresa e completata la pavimentazione della chiesa
1990 – vengono revisionate gran parte delle copertura della chiesa
1998 – viene restaurata la cappella di Santo Spirito
2000 – messa a norma impianto di riscaldamento
2007 – nuovo impianto audio
2008 – vengono effettuati lavori di consolidamento materico e restauro conservativo sul fronte principale
2019 – restauro pavimentazioni e scalini delle cappelle laterali