La chiesa di Santo Stefano di Bardello, citata nel Liber notitiae sanctorum Mediolani, risalente alla fine del XIII secolo, è attestata come “rettoria” nel 1564 (chiesa che non svolge funzioni di parrocchia e dipende dalla chiesa parrocchiale del luogo), nella pieve di Brebbia.
Tra XVI e XVIII secolo, la parrocchia di Santo Stefano è costantemente ricordata negli atti delle visite pastorali compiute dagli arcivescovi di Milano e dai delegati arcivescovili nella pieve di Besozzo.
Nelle visite del 1569 si rilevò che le condizioni della chiesa non erano ottimali e non esisteva il battistero, in quanto era consolidata l’abitudine di celebrare il rito battesimale presso la chiesa pievana di Brebbia. Nel 1608, il visitatore delegato da Federico Borromeo, trovò che era stato costruito il fonte battesimale.
Nel 1610 venne istituita da parte di Giovanni Battista Besozzi la cappellania di San Giovanni Battista.
Nel 1748, durante la visita pastorale dell’arcivescovo Giuseppe Pozzobonelli, il clero nella parrocchia di Santo Stefano protomartire di Bardello era costituito dal parroco e da altri due sacerdoti residenti; per il popolo, che assommava a 494 anime complessive, era istituita la scuola della dottrina cristiana; nella parrocchiale era costituita la società del Santissimo Sacramento, eretta canonicamente dall’arcivescovo Carlo Borromeo nel 1574, alla quale era unita la società del Santissimo Rosario, i cui ascritti avevano l’abito di colore ceruleo.
Nel 1898, all’epoca della prima visita pastorale dell’arcivescovo Andrea Carlo Ferrari nella pieve e vicariato di Besozzo, i parrocchiani erano 1000; il clero era costituito dal parroco e nella chiesa parrocchiale era eretta la confraternita del Santissimo Sacramento, le pie unioni delle Figlie di Maria e della Santa Infanzia.
La parrocchia era di nomina arcivescovile, nel XIX e XX secolo, la parrocchia di Santo Stefano protomartire di Bardello è sempre stata inserita nella pieve e vicariato foraneo di Besozzo, fino al 12 aprile 1907, quando è stata attribuita al nuovo vicariato foraneo di Gavirate; in seguito alla revisione della struttura territoriale della diocesi, attuata tra il 1971 e il 1972, fu attribuita al nuovo vicariato foraneo e poi decanato di Besozzo, nella zona pastorale II di Varese.